Прах императрицы Марии Федоровны захоронен в склепе собора Петропавловской крепости рядом с гробницей ее супруга императора Александра III. На могилу урожденной принцессы Датской Дагмар было установлено белое мраморное надгробие с золоченым крестом наверху. Заупокойную литию по Марии Федоровне совершил патриарх Московский и Всея Руси Алексий II.